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[IE] Integrative Ecology Lab

Laboratoire d'écologie intégrative

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Les midis numériques
Calendrier des activités

L'objectif de ces rencontres est de présenter des avancées numériques et méthodologiques pertinentes en écologie et évolution. Ces avancées doivent être suffisamment transversales pour permettre de réunir les groupes de recherche en écologie végétale et animale autour d'une même table. La forme choisie est informelle et adaptée au sujet de manière à maximiser les échanges entre les participants.


January 28, 2019 Methodes pour considerer l'incertitude de données provenant d'un cytomètre par Dominique Gravel


Februrary 18, 2019 Biodiversity 'accounting' par David Watts

J'aimerais que tout le monde lire un article à propos de 'diversity ordering' pour avoir une discussion sur comment nous pouvons comparer la biodiversité parmi des communautés ecologiques. Les mathematiques qui sont presenté ne sont pas trop important pour notre discussion, c'est plus important de comprendre le concept de base (donc si vous n'avez pas beaucoup de temps, au moins lisez l'Introduction - c'est suffisament pour avoir l'idée). Je vais couvrir quelques exemples d'analyses des différentes types de communautés. En avance de notre discussion, SVP pensez-vous les points suivants:

1. Est-il important de savoir quelle communauté a plus de diversité à travers du spectre de poids d'abondance?
2. Est-ce que vous allez reconsiderer des conclusions passées qui etaient basées sur un seul indice de diversité (e.g. H')?
3. Y a-t-il des autres façons pour utiliser cette méthode?

J'espère que ce sujet est pertinent pour tout le monde, donc je vais vous voir en grand nombre :)
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March 18, 2019 Simulations pour effectuer la validation et la vérification des modèles statistiques par François Rousseu

J'animerai le prochain Midi Numérique ce lundi le 18 mars au D3-2042. Nous discuterons de l'utilisation des simulations pour effectuer la validation et la vérification des modèles statistiques (model checking, goodness-of-fit, posterior predictive checking, etc.). Comme lecture, voici la vignette du package DHARMa qui se base entre autres sur l'utilisation de simulations et sur les résidus quantiles pour faciliter cette validation. La partie Motivation devrait être suffisante pour avoir une bonne idée de la méthode.

April 8, 2019 Integrated integral projection models (IPM²) par Willian Vieira

Lundi prochain à la salle du conseil nous allons avoir un midi-numérique sur les Integrated integral projection models (IPM²). Cette approche proposée par Plard et al. 2019 promet de mixer le meilleur des deux mondes. D’une coté les Integrated PM ont l’avantage de lier la démographie avec les donnés au niveau de la population, alors que les Integral PM se basent seulement sur la démographie. De l’autre coté, les Integral PM considèrent la distribution de la variation individuelle, alors que les Integrated PM utilisent seulement la moyenne des individus.
Je voudrais discuter donc
(i) Sur les avantages d’utiliser leur approache au lieu d’un Integral PM (qui je suis en train de construire)
(ii) La possibilité d'utiliser leur approche avec nos systèmes d'étude (pensez à vos systèmes alors que vous lisez les méthodes)
(iii) Les autres possibilités de surmonter le point faible des Integral PM (sans utiliser leur méthode)
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The lab meetings
Calendar of weekly meetings

The aim of these lab meetings is to promote discussion among members on all subjects related to ecology, mathematics and computer science. The meetings are intended primarily for lab members, but everyone interested in the subject is welcome! The meetings will be held in D8-0022 at noon on the date in the table:

January 15, 2019 Azénor Bideault Writing Science: how to write papers that get cited and proposals that get funded - Intro
January 22, 2019 Stéphanie Préfontaine An ecological perspective on bacterial biodiversity PDF
January 29, 2019 Guillaume Blanchet Writing Science: Science Writing as Storytelling
Februrary 5, 2019 Azénor Bideault Metabolic asymmetry and the global diversity of marine predators PDF
Februrary 12, 2019 Katherine Hébert Writing Science: Making a Story Sticky
Februrary 19, 2019 Clément Violet Long-term environmental monitoring for assessment of change: measurement inconsistencies over time and potential solutions PDF
Februrary 26, 2019 Madelaine Proulx Writing Science: Story Structure
March 5, 2019 Steve Vissault Embracing scale-dependence to achieve a deeper understanding of biodiversity and its change across communities PDF
March 12, 2019 Gabriel Bergeron Writing Science: The opening
March 19, 2019 Guillaume Blanchet Co-occurence
April 2, 2019 Amaël Lesquin Writing Science: The Funnel: Connecting O and C
April 9, 2019 Gabriel, Stéphanie and Katherine Seminars
April 23, 2019 Willian Vieira Writing Science: The Challenge
April 30, 2019 Amaël Lesquin Seminar
May 7, 2019 Guillaume Blanchet TBD

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